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Analyse de la diversité microbienne dans les sables du désert Algérien

PHC : Tassili
Codes du projet : 14MDU907 -- Campus N° 30923UF
Domaine : Agronomie, productions animale, végétale et agroalimentaire
Intitulé : Analyse de la diversité microbienne dans les sables du désert Algérien
Porteur(s) : HEULIN Thierry, KACI Yahia
Date de début : 01/01/2014
Date de fin : 31/12/2017

Le projet CMEP-Tassili 14MDU907 qui s’est étalé sur 4 années (2014-2017) a permis de réaliser la
majeure partie des objectifs fixés initialement.
Concernant les aspects liés à la formation, il a permis aux doctorants et aux enseignants-chercheurs
impliqués dans ce projet d’améliorer leurs connaissances dans le domaine de la microbiologie de
l’environnement. Sur le plan pratique, il leur a permis de se familiariser avec des techniques et
méthodes d’évaluation de la diversité microbienne les plus récentes, en utilisant des approches
moléculaires. Cependant, certaines difficultés logistiques n’ont pas permis de finaliser deux thèses
(Zakia SELMANI et Sabrina BEHAIRI), ce qui justifie la présente demande.
En ce qui concerne le bilan scientifique de ces quatre années, il se résume comme suit :
Des analyses granulométriques des différents échantillons de sable prélevés sur 3 sites (Timoudi, Taghit,
Beni-Abbès) ont été réalisées en utilisant un granulomètre à diffraction laser (Mastersizer 2000 Ver.
5.60). Une analyse minéralogique des sables a également été réalisée, ce qui nous a permis de
caractériser les échantillons de sable. Sur la base de cette caractérisation physique, les échantillons des
3 sites sont très similaires. Ces expérimentations ont été menées à l’USTHB (Algérie).
Ce travail a également permis de montrer que la technique de dénombrement des bactéries la plus
adaptée aux sables est celle du «grain par grain», mise au point au LEMiRE
L'analyse de la diversité bactérienne des bactéries cultivables a débuté avec l’isolement et la
purification de 606 souches bactériennes sur les 3 sites étudiés :
- 289 souches bactériennes sur le site de Timoudi (ZSTM)
- 152 souches bactériennes sur le site de Taghit (ZSTG)
- 165 souches isolées des sables de Beni-Abbès (ZSBA)
La PCR sur colonies a permis d’amplifier l’ADNr 16S de 590 souches pour leur identification. Le
séquençage de 500-1000 bp selon les souches a permis d'identifier à l'espèce 513 souches (Timoudi :
282; Beni-Abbès : 130 et Taghit : 101). 513 souches bactériennes (sur un total de 606 souches) se
répartissent ou sont apparentées à 150 espèces. Les effectifs vont de 1 souche à plus de 80 souches par
espèce. Une analyse de la diversité alpha et beta est en cours avec les bioinformaticiens du LEMiRE,
Mohamed BARAKAT (IR CNRS) et Philippe ORTET (IR CEA).

Par ailleurs, l’étude des interactions « plantes-bactéries » dans un milieu salé, en présence d’une plante
endémique halophile : Halocnemum strobilaceum a été entreprise dans le cadre de ce projet sur un
sable de la région de Biskra, en s'intéressant aux trois fractions suivantes: rhizoplan, sol rhizosphérique
et sol non-rhizosphérique. Pour une estimation de la diversité bactérienne, des isolements de bactéries,
suivis de purification ont été réalisés sur des milieux de culture (TSA/10 et YESA) additionnés de
différentes concentrations en NaCl (0,8 – 1,2 – 1,8 et 2,5 %).
Les bactéries isolées purifiées puis identifiées ont été conservées à -80°C. Outre la publication de la
diversité des bactéries halotolérantes cultivables (séquençage de l'ADNr 16S) et celle des bactéries
totales (métabarcoding de l'ADNr 16S), il est prévu de séquencer quelques génomes complets des
bactéries les plus halotolérantes et de décrire quelques nouvelles espèces.

USTHB (Université des Sciences et de la Technologie Houari Boumediene)

Partenaire algérien
ALGER

Laboratoire(s) ou unité(s) de recherche
Laboratoire de Biologie et Physiologie des Organismes (LBPO)


Responsable(s)
Yahia KACI - Laboratoire de Biologie et Physiologie des Organismes (LBPO) - City

CEA (Commissariat à l'Energie Atomique)

Partenaire français
CADARACHE

Laboratoire(s) ou unité(s) de recherche
LEMIRE (Laboratoire d’Ecologie Microbienne de la Rhizosphère et des Environnements Extrêmes)


Responsable(s)
Thierry HEULIN - LEMIRE (Laboratoire d’Ecologie Microbienne de la Rhizosphère et des Environnements Extrêmes) - CADARACHE

Essai de lutte biologique par l’utilisation de Peanibacillus polymyxa à l’égard de Fusarium graminearum, F. versticillioides et Microdochium nivale, agent pathogène du blé dur en Algérie

Codirection - These - Terminé
Par : Lamia LOUNACI
Début de thèse :
Présenté le : 02/12/2017
A : USTHB Alger
Co-directeurs :
  • HEULIN Thierry
  • LEMIRE-CEA, CADARACHE
  • GUEMOURI Souad
  • LBPO-FSB-USTHB, ALGER

Importance des populations de Pseudomonas dans la rhizosphère du blé dur en Algérie : impact sur la solubilisation des phosphates

Codirection - These - Terminé
Par : Farida TAGUETT
Début de thèse :
Présenté le : 24/01/2016
A : USTHB Alger
Co-directeurs :
  • KACI Yahia
  • LBPO-FSB-USTHB, ALGER
  • HEULIN Thierry
  • LEMIRE-CEA, CADARACHE

Contribution à l’étude de la diversité bactérienne des sables de l’Erg occidental de la région de Béchar

Codirection - These - En cours
Par : Zakia SELMANI
Début de thèse :
Présenté le :
A : Non renseigné
Co-directeurs :
  • KACI Yahia
  • LBPO-FSB-USTHB, ALGER
  • HEULIN Thierry
  • LEMIRE-CEA, CADARACHE

Evaluation de la diversité des bactéries associées à une plante halophile dans la région de Biskra: Impact sur une culture de blé dur (Triticum durum L.)

Codirection - These - En cours
Par : Sabrina BEHAIRI
Début de thèse :
Présenté le :
A : Non renseigné
Co-directeurs :
  • HEULIN Thierry
  • LEMIRE-CEA, CADARACHE
  • KACI Yahia
  • LBPO-FSB-USTHB, ALGER

Impact de l’inoculation et de la co-inoculation de deux souches bactériennes de Paenibacillus polymyxa SGH1 et SGK2 sur la croissance et l’élaboration du rendement de blé dur (Triticum durum var. Waha)

Codirection - These - En cours
Par : Bouazza CHAMI
Début de thèse :
Présenté le :
A : Non renseigné
Co-directeurs :
  • GUEMOURI Souad
  • LBPO-FSB-USTHB, ALGER
  • HEULIN Thierry
  • LEMIRE-CEA, CADARACHE

Conférences et séminaires

Effect of a bacterial polysaccharide on the structural stability of the soil

Conférence Internationale

Fisrt Global Soil Biodiversity Conference.


A : DIJON
Du : 02/12/2014
Au : 05/12/2014
Participants :
Smail L., Bennadji H., Djebbara M., Kaci Y.